| 核酸数据库 | |
| EMBL Database | 欧洲分子生物学实验室（European Molecular Biology Laboratory ）核酸序列数据库，为欧洲最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。 |
| GenBank | 美国国家生物技术情报中心（NCBI，National Center for Biotechnology Information）基因序列数据库。美国最主要的核酸序列数据库，世界两大核酸数据库之一。 |
| DDBJ | DNA database of Japan (Mishima)，位于日本的核酸序列数据库，为亚洲主要的核酸序列数据库。 |
| HIV Database | HIV序列数据库。 |
| IMGT | ImMunoGeneTics数据库含有与免疫系统有关的核酸序列数据。 |
| dbEST | 序列表达标记数据库（Expressed Sequences Tags）。 |
| 5S rRNA | 5S rRNA 数据库。 |
| EPD | 真核启动子数据库（Eukaryotic Promoter database） |
| 蛋白数据库 | |
| SWISS-PROT | SWISS-PROT 蛋白序列数据库，由日内瓦大学医学生物化学系与EMBL（欧洲分子生物学实验室）共同维护，是欧洲最主要的蛋白序列数据库，世界两大蛋白序列数据库之一。 |
| PIR | PIR（Protein Information Resource）蛋白信息数据库，由美国国家生物医学研究基金会（National Biomedical Research Foundation)维护。是美国最主要的蛋白序列数据库，为世界两大蛋白序列数据库之一。 |
| PDB | Brookhaven蛋白序列三维立体结构数据库。 |
| PROSITE | 蛋白特征序列字典。 |
| ENZYME | 蛋白酶数据库。 |
| REBASE | 限制酶数据库。 |
| HSSP | 同类二级结构蛋白（Homology-derived secondary structure of proteins ）数据库。 |
| BLOCKS | 蛋白序列块数据库（Protein Blocks Database）。 |
| KABAT | 具有免疫学重要性的蛋白数据库（Database of Proteins of immunological interest）。 |
| InterPro | 蛋白家族数据库Protein Family Database数据库。 |
| TMBASE | 跨膜蛋白数据库，包括一些预测工具。 |
| 基因组数据库 | |
| DICTYDB | 盘基网柄菌（Dictyostelium discoideum ）基因组数据库。 |
| EcoGene | 大肠杆菌（Escherichia coli）K12基因组数据库。 |
| FLYBASE | 果蝇（Drosophila ）基因组数据库。 |
| MAIZEDB | 玉米基因组数据库。 |
| SGD | 酵母菌（Saccharomyces）基因组数据库。 |
| SUBTILIST | 纤小杆菌（Bacillus subtilis ）168基因组数据库。 |
| WORMPEP | 蠕虫（Caenorhabditis elegans )基因组计划蛋白数据库。 |
| 其它数据库 | |
| GCRDB | G-蛋白结合受体数据库(G-protein--coupled receptor database)。 |
| OMIM | MIM 人类孟德尔遗传学数据库（Mendelian Inheritance in Man Database）。 |
| RHDP | 放射杂交体数据库(The Radiation Hybrid Database)。 |
| SWISS-2DPAGE | 日内瓦大学（the University of Geneva）人类两维凝胶蛋白数据库（Human 2D Gel Protein Database）。 |
| TRANSFAC | 转录因子数据库（Transcription factor database）。 |
| SRPDB | 信号识别位点数据库（Signal recognition particle database ）。 |
| 中国微生物资源数据库群 | 包括中国微生物菌种目录数据库、 经济真菌多媒体数据库 、革兰氏阴性杆菌编码鉴定数据库、微生物物种编目数据库、国际微生物菌种数据网络MSDN中国国家节点、国际核酸序列数据库(DDBJ/GenBank/EMBL数据库)、国际微生物性状编码数据库、弧菌编码鉴定数据库、培养基数据库、亚洲石耳数据库、真菌新种数据库等等 |
