| 在线蛋白工具 | |
| BCM Search Launcher | 蛋白序列二级结构预测综合站点，从此出发，输入蛋白序列，可以根据需要，使用各种在线预测工具，包括Coils、nnPredict、PSSP/SSP、PSSP/NNSSP、SAPS、TMpred、SOUSI、Paircoil、Protein Hydrophilicity/Hydrophobicity Search、SOPM，使用十分方便。 |
| DAS | 蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域。 |
| TopPred 2 | 斯德哥尔摩大学理论化学蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测Topology prediction of membrane proteins在线工具 |
| SOSUI | 东京农业科技大学（Tokyo University of Agriculture and Technology）提供的膜蛋白分类和二级结构预测在线工具。 |
| PSIpred - MEMSAT 3 | 本蛋白结构预测服务器允许你提交一个蛋白序列，进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测，并将结果用EMAIL提供给您。 |
| HMMTOP | 预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器 |
| TMpred | 预测蛋白序列跨膜区 |
| TMHMM 2.0 | 预测蛋白的跨膜螺旋 |
| The PredictProtein server | 提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务 |
| SMART | 提供蛋白序列，在结构域数据库中查询，显示出其结构域及跨膜区等 |
| SPLIT 4.0 | 膜蛋白二级结构预测服务器 |
| PRED-TMR | 提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务 |
| CoPreThi | 基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区 |
| TMAP | 提供预测蛋白跨膜片段的服务 |
| multalin | 蛋白序列对照服务器，比较几条蛋白序列的结构。 |
| Protein Sequence Analysis | 巴斯德研究所提供的常用蛋白序列分析在线工具，绝对精选。 |
| PSA | Protein Sequence Analysis 服务器为美国波士顿大学生物分子工程研究中心（the BioMolecular Engineering Research Center ）开发，提交氨基酸序列，预测二级结构及折叠区域。 |
